固定資産税の納付書を物件ごとに分けることはできますか？

分けることはできません。

納税義務者は毎年1月1日現在の登記簿上の名義人となっています。
同一名義人の固定資産税・都市計画税についてはその方の名義になっているものを合計した税額でしか納付書は作成できません。
くわしくは、同封の課税明細書をご覧ください。